手机获取root后，自身系统就会产生难以避免的空隙，此时，木马病毒就会利用root权限的空隙攻击系统，让用户的手机收到安全威胁。
手机root权限对系统文件有着最高级别的操作权限，可以对系统所有文件执行删除、替换等。在使用过程中，用户为了更好的管理手机往往会对一些管理软件进行root授权，此时就可能因为被授权软件错删系统软件导致系统错误。
软件被用户进行root授权候，软件可以如获取手机号、获取位置、发送短信等操作。当然对于正规的管理及手机防护软件来说，进行root授权是正常的。但是一旦错误授权给非正规软件，此时就会有较大的风险了。
所有手机厂商为维护厂商利益，都会进行规定手机私自拆机或系统被root后，无法享受三包期内的无偿售后服务。
root是一种存在于UNIX系统（如AIX、BSD等）和类UNIX系统（如大名鼎鼎的Linux，比如稳定到服务器都在用的Debian、适合长期作业成熟老道的Redhat、比较流行的Ubuntu和archlinux等Linux发行版以及Android系统）中的唯一的超级用户，其相当于Windows系统中的SYSTEM(XP及以下)/TrustedInstaller(Vista及以上)用户。其具有系统中所有的权限，如启动或停止一个进程，删除或增加用户，增加或者禁用硬件等等。
手机root后有什么好处和坏处如下：
好处：
1、深度查杀病毒木马
当手机获取Root权限后，安全软件就可以向系统请求获取Root权限，一旦安全软件获取Root权限，其就可以查杀手机固件中的顽固病毒木马，彻底清除深层手机病毒，一定程度上可提高手机安全。安全软件中腾讯手机管家、360手机卫士、金山手机毒霸等都会默认向系统请求Root权限以执行安全操作。
2、清除多余系统应用
购买手机后，一些系统预装软件根本用不上，而且会加剧手机存储空间的使用，占用不必要的手机运行内存空间，消耗手机电量！获取手机Root权限的安全软件就可以以至高无上的权利卸载这些多余手机系统软件，释放手机空间，加速手机运行，优化手机性能。360手机卫士、腾讯手机管家、Re文件管理器等都具有此功能。
很多软件都会在通知栏提供消息提示和广告宣传，值得信任的软件大可不必担忧，像QQ通知栏好友消息提示则无可厚非。但是，很多恶意软件会肆无忌惮地在通知栏提供广告提示，简直令人发指，游戏应用和恶意软件成为此类广告的温床。安全软件见状决不手软，定将其拿下，只要拥有Root权限这张王牌即可游刃有余。
4、静默安装／卸载应用
获取Root权限后，软件管理应用（如应用宝、360手机助手等）可以一键后台卸载、安装、备份应用程序，简单快捷。无需通过安卓系统组件“打包安装程序”界面显示安装状态，实现了便捷管理、批量处理应用程序的操作。
5、隐私行为监控与管理
目前为止，大部分安卓系统生态圈的著名安全软件都实现了隐私行为监控与管理的功能。这些软件可利用Root权限对手机应用实现联网、获取手机号、获取位置、获取联系人等的限制，切实保护用户隐私。
坏处：
1、病毒木马易侵入
由于Root权限的功能过于强大，会有一定的风险。因此，Android系统手机默认没有开启Root权限。获取Root后，木马病毒会利用Root权限的空荡肆意攻击系统，导致用户不必要的手机安全威胁。
解决方法：从值得信任的应用市场下载应用，不要借助搜索引擎，谨慎授予软件的Root权限请求。
2、系统不稳定
这种情况出现的几率较少，往往由于Root不彻底、软件兼容性导致的，不必过分在意。
解决方法：通过值得信赖的Root方法提供方来获取手机Root，可解除Root或刷机解决。
3、系统错误
手机系统获取Root权限意味着任何软件都有可能对系统文件执行操作，如删除、替换等。ES文件浏览器等可对系统文件执行操作，若用户授予了此类软件的Root权限，您就可能因此误删除了系统重要文件，继而引发系统Error。
解决方法：谨慎授予软件的Root权限请求，谨慎删除系统关键文件。
