1、协议充值：通过网上银行签约绑定手机号码从手机SIM卡充值，签约绑定成功，手机端充值时会自动显示绑定银行。
2、非协议充值：通过手机深圳通网上营业厅，惠出行网及惠出行客户端（惠出行APP是手机深圳通公司专门研发的手机深圳通充值APP软件），以及地铁站布设的易办事充值机充值。
在深圳，方便快捷的深圳通充值方式就是通过支付宝。以下是详细的步骤指导：
首先，打开您的支付宝应用，进入首页后，选择"城市服务"，定位至深圳区域，然后在众多服务中找到并点击"车主"选项，接着选择"深圳通充值"功能。
如果这是您第一次使用这个服务，系统可能会提示您需要绑定交通卡。点击"添加卡片"，在出现的选项中，您会看到包括上海一卡通、武汉通和深圳通在内的多种选择。找到您的深圳通卡，通常***会在卡片背面，输入后点击确认。
确认***无误后，系统会自动验证并绑定。一旦绑定成功，您的卡片信息将展示在"卡片列表"中，您可以根据需要添加、编辑或删除卡片，甚至设置备注信息。
在充值方面，深圳通首页会实时显示您当前默认卡片的余额，让您随时了解使用情况。此外，地铁站内也设有自助售卡充值机，您可以方便地在这些指定地点完成充值和购卡操作。
总之，深圳通的支付宝充值流程简单直观，无论是线上操作还是线下充值，都能满足您的需求。
可以在Android系统且具有NFC功能的手机上，下载安装这个手机应用程序。安装后，只要登录“小鱼支付”，然后将深圳通卡贴到手机背面，验卡成功后不要将卡片移开，然后选择需要充值金额以及支付方式，点击充值，支付成功后就将为深圳通充值。目前可以用***或者支付宝进行支付。
联通和电信手机深圳通也可以用这个APP充值，首先登录“小鱼支付”，在主页面点击“手机深圳通”选项;进入充值页面，选择充值金额及支付方式
手机深圳通用充值方法如下：
1、现金充值：联通营业厅;地铁站“联通手机深圳通”代售处。
2、SIM卡应用菜单充值：到营业厅绑定银行账户，可实现随时充值，目前支持的银行有：招商银行、中国农业银行、中国民生银行、平安银行(包括原深圳发展银行)
3、安卓手机充值：应用程序——SIM卡应用——手机深圳通——充值
4、iPhone手机充值：设置——电话——SIM卡应用程序——手机深圳通——充值
