如果使用的是系统自带的磁盘碎片整理程序，那么一般是不会出现问题的。
如果你用的是其他的软件，就不好说了。
因为自带的毕竟是出自一个公司的，肯定要好一点。
一般来说其实碎片整理是不会损坏文件的。
除非你有误操作或者是其他不明的原因。
不会。
其实
磁盘碎片
应该称为
文件碎片
，是因为文件被分散保存到整个
磁盘
的不同地方，而不是连续地保存在磁盘连续的簇中形成的。当
应用程序
所需的
物理内存
不足时，一般
操作系统
会在
硬盘
内存
虚拟内存
管理程序
会对硬盘频繁读写，产生大量的
碎片
，这是产生硬盘碎片的主要原因。
定期整理硬盘应该是毫无疑问的。如果说硬盘碎片整理真的会损害硬盘的话，那也将是在对硬盘进行近乎天文数字般
次数
的整理之后。
我们在整理硬盘前一般都要对它清理
垃圾信息
，检查有无
错误
，最后才能谈到碎片的整理和优化。因此，我们在整理硬盘前，应该首先做好这些工作：
1、应该把硬盘中的
垃圾文件
和垃圾信息清理干净。系统工作一段时间后，垃圾文件就会非常之多，有
程序
安装时产生的
临时文件
、上网时留下的缓冲文件、删除
软件
时剩下的DLL文件或强行关机时产生的错误文件等，建议“菜鸟”朋友还是使用微软的“磁盘清理程序”代劳，“老鸟”当然可以使用一些功能更强的软件或手工清理。
2、检查并修复硬盘中的错误。首选的仍然是微软的“磁盘扫描程序”，虽然它的速度实在不怎么样，但只要你有足够的耐心，经过这个程序对磁盘完整而详细的扫描后，相信系统中的绝大多数错误已经被修复了。
此外，整理磁盘碎片的
频率
要控制合适，过于频繁的整理也会缩短磁盘的寿命。
一般来说，用系统自带的碎片整理程序来整理系统，不会出现文件丢失的情况，但在整理的过程中如发生停电等导致程序意外中断的现象，则可能会发生文件丢失的现象。
不要Win98\Me的整理程序去整理2000、Xp、2003的系统分区，反之也不行。虽然都是Windows一家，但容易发生你说的情况。
碎片整理，打个比方：你要装把枪，是将零件放在一起装得快呢？还是将各种零件放散了组装得快？Windows系统读取文件，就象我们装枪时去取零件一样的原理。就是将相关的文件，集中放到一起。
微软专家曾建议过：一般来说，碎片整理一个月整理一次。两个月执行一次磁盘扫描程序。如果你的硬盘用的勤快，那碎片整理也勤快一点，但也无须每天都进行。
目前，碎片整理的软件有许多，Vopt对98、me的支持要好一点。其它的各人有各人的使用习惯。
我使用的是Windows自带的整理程序的加强版，同系统衔接得好。且经过我们国人汉化以后，不再需要注册花钱（一般的整理程序都是收费的）。软件名称是：Diskeeper。具体网址我忘了，你可以上网搜一下，注意压缩包里有英文原版和汉化包两个。我用的是8.0.480版的。
不会
不过有几个注意事项
磁盘碎片整理可以提高文件的读写速度，可是盲目地进行整理，却有可能发生一些不必要的危险，这就要求我们注意以下事项：1、整理期间不要进行数据读写 进行磁盘碎片整理是个很漫长的工作，不少朋友喜欢在整理的同时听歌、打游戏，这是很危险的，因为磁盘碎片整理时硬盘在高速旋转，这个时候进行数据的读写，很可能导致电脑死机，甚至硬盘损坏。
2、不宜频繁整理 磁盘碎片整理不同于别的电脑操作，硬盘会高速连续旋转，如果频繁进行磁盘碎片，可能导致硬盘寿命下降，建议一个月左右整理一次。
3、做好准备工作。 在整理磁盘碎片前应该先对驱动器进行“磁盘错误扫描”，这样可以防止系统将某些文件误认作逻辑错误而造成文件丢失。具体操作是（以Windows XP为例）：在“我的电脑”中选择要整理的驱动器，单击鼠标右键，在弹出的菜单中选择“属性”，进入“工具”选项卡，点击“查错”栏中的“开始查错”按钮，然后按提示操作即可。
4、双系统下不要交叉整理 很多朋友都安装有Windows 98和Windows XP双操作系统，但是由于系统兼容性等原因，交叉进行磁盘碎片整理可能会造成文件易位、混乱甚至系统崩溃，所以建议朋友们在Windows 98中整理Windows 98分区，在Windows XP中整理Windows XP分区。
一定不会，磁盘碎片整理程序是将不连续的文件尽量放在一段连续的空间里，这样会使你应用的进程或程序访问速度加快。从而也就提高了你某个分区里程序的运行速度！
如果是在C盘，系统文件使用连续空间，无疑会加快系统的运行速度！
1、作用：
可以提高电脑的硬盘使用寿命；可以使你的存储文件不容易丢失，可以使你的电脑运行的更佳流畅。
2、有损害如下：
文件碎片一般不会在系统中引起问题，但文件碎片过多会使系统在读文件的时候来回寻找，引起系统性能下降，严重的还要缩短硬盘寿命。另外，过多的磁盘碎片还有可能导致存储文件的丢失。
电脑使用一段时间后，由于文件的存取和删除操作，文件被分散保存到整个磁盘的不同地方，而不是连续地保存在磁盘连续的簇中形成的。 这种状况就称它为"碎片"。如果这种情况不加整理，磁盘的存取效率会下降。
扩展资料：
磁盘碎片整理推荐设置：
1、优化方面的设置
部分软件提供优化设置。用户可以选择快速优化、完全优化。通常家庭用户可以选择快速优化，每半年一次完全优化最好，优化指的是将频繁使用的文件移到驱动器的高性能区，加快读取速度。
2、文件间隙设置
部分软件提供了设置是否保留文件间隙的设置。建议不要保留，如果保留文件间隙则很快就会产生大量碎片。
3、将目录靠近MFT
部分软件提供此类设置，如果将移动目录 靠近主文件分配表则会大大加快文件读取速度。
参考资料：
百度百科-磁盘碎片整理
